Berikut adalah Daftar perguruan tinggi swasta di Daerah Istimewa Yogyakarta, yang pembinaannya berada di bawah Departemen Pendidikan Nasional. Daftar ini tidak termasuk Perguruan Tinggi Islam Swasta, yang pembinaannya berada di bawah Departemen Agama Republik Indonesia.
Universitas
- Universitas Ahmad Dahlan, Yogyakarta
- Universitas Atma Jaya Yogyakarta, Yogyakarta
- Universitas Cokroaminoto Yogyakarta, Yogyakarta
- Universitas Dirgantara Indonesia, Yogyakarta
- Universitas Gunung Kidul, Wonosari
- Universitas Islam Indonesia, Yogyakarta
- Universitas Janabadra, Yogyakarta
- Universitas Kristen Duta Wacana, Yogyakarta
- Universitas Kristen Immanuel, Yogyakarta
- Universitas Muhammadiyah Yogyakarta, Yogyakarta
- Universitas Pembangunan Nasional Yogyakarta, Yogyakarta
- Universitas PGRI Yogyakarta, Yogyakarta
- Universitas Proklamasi '45, Yogyakarta
- Universitas Sanata Dharma, Yogyakarta
- Universitas Sarjanawiyata Tamansiswa, Yogyakarta
- Universitas Teknologi Yogyakarta, Yogyakarta
- Universitas Wangsa Manggala, Yogyakarta
- Universitas Widya Mataram, Yogyakarta
Institut
- IKIP PGRI Wates, Yogyakarta
- Institut Pertanian Intan, Yogyakarta
- Institut Pertanian Stiper, Sleman
- Institut Sains & Teknologi AKPRIND, Yogyakarta
- Sekolah Tinggi Bahasa Asing LIA, Yogyakarta
- Sekolah Tinggi Profesi YKM, Yogyakarta
- Sekolah Tinggi Keguruan Bina Harapan, Wates
- Sekolah Tinggi Ilmu Administrasi AAN, Yogyakarta
- Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan Aisyiyah, Yogyakarta
- Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan Respati, Yogyakarta
- Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan Surya Global, Yogyakarta
- Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan Wira Husada, Yogyakarta
- Sekolah Tinggi Pariwisata AMPTA Yogyakarta, Yogyakarta
- Sekolah Tinggi Pembangunan Masyarakat Desa APMD, Yogyakarta
- Sekolah Tinggi Psikologi Yogyakarta, Yogyakarta
- Sekolah Tinggi Teknik Lingkungan Yayasan Lingkungan Hidup, Bantul
- Sekolah Tinggi Teknologi Adisutjipto, Yogyakarta
- Sekolah Tinggi Teknologi Informasi Respati, Yogyakarta
- Sekolah Tinggi Teknologi Kedirgantaraan STTKD, Bantul
- Sekolah Tinggi Teknologi Nasional, Yogyakarta
- STIE Bank, Yogyakarta
- STIE Isti Ekatana Upaweda, Yogyakarta
- STIE Mitra Indonesia, Yogyakarta
- STIE Nusa Megar Kencana, Yogyakarta
- STIE Pariwisata API, Yogyakarta
- STIE SBI, Yogyakarta
- STIE Widya Wiwaha, Yogyakarta
- STIE YKP, Yogyakarta
- STIE YKPN, Yogyakarta
- STISIP Kartika Bangsa, Yogyakarta
- STKIP Catur Sakti, Bantul
- STMIK Akakom, Yogyakarta
- STMIK Amikom, Yogyakarta
- STMIK Pelita Nusantara, Yogyakarta
- STMIK Proactive, Yogyakarta
- STMIK EL RAHMA, Yogyakarta
Politeknik
- Politeknik API, Yogyakarta
- Politeknik Kesehatan Bhakti Setya Indonesia, Yogyakarta
- Politeknik LPP, Yogyakarta
- Politeknik Muhammadiyah Yogyakarta, Yogyakarta
- Politeknik PPKP, Yogyakarta
- Politeknik Seni Yogyakarta, Yogyakarta
- Politeknik YDHI, Yogyakarta
- Akademi Akuntansi Sapta Widya Tama, Yogyakarta
- Akademi Akuntansi YKPN, Yogyakarta
- Akademi Analis Farmasi Al Islam, Yogyakarta
- Akademi Bahasa Asing Primagama, Yogyakarta
- Akademi Bahasa Asing Yappindo, Yogyakarta
- Akademi Bahasa Asing YIPK, Yogyakarta
- Akademi Desain Visi Yogyakarta, Yogyakarta
- Akademi Fisioterapi YAB Yogyakarta, Yogyakarta
- Akademi Kebidanan Yogyakarta, Yogyakarta
- Akademi Kebidanan Ummi Khasanah, Yogyakarta
- Akademi Keperawatan Al Islam Yogyakarta, Yogyakarta
- Akademi Keperawatan Karya Husada Yogyakarta, Yogyakarta
- Akademi Keperawatan Wiyata Husada Yogyakarta, Yogyakarta
- Akademi Keperawatan YKY Yogyakarta, Yogyakarta
- Akademi Kesejahteraan Sosial AKK, Yogyakarta
- Akademi Kesejahteraan Sosial Tarakanita, Sleman
- Akademi Ketatalaksanaan Pelayaran Niaga Bahtera, Yogyakarta
- Akademi Keuangan Dan Perbankan YIPK, Yogyakarta
- Akademi Komunikasi Indonesia YPK, Yogyakarta
- Akademi Komunikasi Radya Binatama, Yogyakarta
- Akademi Komunikasi Yogyakarta, Yogyakarta
- Akademi Manajemen Administrasi Dharmala, Yogyakarta
- Akademi Manajemen Administrasi Yogyakarta, Yogyakarta
- Akademi Manajemen Administrasi YPK Yogyakarta, Yogyakarta
- Akademi Manajemen Perusahaan YKPN, Yogyakarta
- Akademi Manajemen Putra Jaya, Yogyakarta
- Akademi Maritim Ganesha Yogyakarta, Yogyakarta
- Akademi Maritim Yogyakarta, Yogyakarta
- Akademi Pariwisata Ambarukmo Yogyakarta, Yogyakarta
- Akademi Pariwisata BSI Yogyakarta, Yogyakarta
- Akademi Pariwisata Buana Wisata, Yogyakarta
- Akademi Pariwisata Dharma Nusantara Sakti, Yogyakarta
- Akademi Pariwisata Indraprasta, Yogyakarta
- Akademi Pariwisata Stipary, Yogyakarta
- Akademi Pariwisata Yogyakarta, Yogyakarta
- Akademi Perikanan Yogyakarta, Yogyakarta
- Akademi Pertanian Yogyakarta, Yogyakarta
- Akademi Peternakan Brahma Putra, Yogyakarta
- Akademi Sekretari dan Manajemen Desanta, Yogyakarta
- Akademi Sekretari dan Manajemen Indonesia, Yogyakarta
- Akademi Sekretari dan Manajemen Santa Maria, Yogyakarta
- Akademi Manajemen Informatika dan Komputer Kartika Yani, Yogyakarta
- Akademi Seni Rupa dan Desain Akseri, Yogyakarta
- Akademi Seni Rupa dan Desain MSD, Yogyakarta
- Akademi Teknik PIRI, Yogyakarta
- Akademi Teknik YKPN, Yogyakarta
- Akademi Teknologi Otomotif Nasional, Yogyakarta
- Akademi Telekomunikasi Indonesia, Yogyakarta
- AMIK Aster, Yogyakarta
- AMIK BSI Yogyakarta, Yogyakarta
- Amik Kartika Yani, Yogyakarta
- Amik Wira Setya Mulya, Yogyakarta
- AMIK Yappindo, Yogyakarta
- ATMIK El Rahma, Yogyakarta
- ESI, Wonosari
- English Course Training Yess, Panggang Wonosari
- TREX, Bantul
- POBBAYO, Bantul
- BINA MULYA, Wonosari
- IEB, Sleman
- Lembaga Pendidikan Perkebunan (LPP), Yogyakarta